生信人必学的软件之bedtools进行格局变换SCI论文科研研讨生…(生信怎么学)

bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的一个许多生物信息学数据处置脚本的集结，它几乎是基因组数据分析的瑞士军刀，可以对bam、bed、gff/gtf、vcf等数据进行处置，快速结

束取交集、并集、补集、计数以及格局变换等操作。那么接下来，小果将分章节为我们介绍bedtools的用法。
那么今日跟小果来学习bedtools的格局变换功用吧。
bedtools可以将bam文件转成bed或许fastq文件，它们需要运用不一样的指令，咱们先来学习bamtobed指令。
bedtools?bamtobed指令用于将序列比对文件bam格局转化为bed、bed12、bedpe格局。
示例：
bedtools bamtobed [options] -i <bam>
$ bedtools bamtobed -i reads.bam | head -3
chr7 118970079 118970129 tupac_0001:3:1:0:1452#0/1 37 –
chr7 118965072 118965122 tupac_0001:3:1:0:1452#0/2 37 +
chr11 46769934 46769984 tupac_0001:3:1:0:1472#0/1 37 –
运用参数：
那么接下来咱们来学习bamtofastq吧。
bedtools?bamtofastq指令用于从bam文件中获取fastq文件
?
示例：
bedtools?bamtofastq?[options] -i <bam>?-fq?<fastq>
好啦，今日的教程就到这儿，等待我们重视小云，小云将持续为我们带来bedtools各指令的运用教程